Địa bàn thị trấn Tịnh Biên trước đây là xã Xuân Tô thuộc huyện Tịnh Biên.

Ngày 12 tháng 4 năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định 52/2005/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập thị trấn Tịnh Biên trên cơ sở toàn bộ 1.938 ha diện tích tự nhiên và 12.850 nhân khẩu của xã Xuân Tô. Tuy nhiên, huyện lỵ huyện Tịnh Biên lúc này vẫn đặt tại thị trấn Nhà Bàng.

Tháng 3 năm 2012, thị trấn Tịnh Biên được công nhận là đô thị loại IV[2] và từ tháng 4 năm 2012, thị trấn Tịnh Biên trở thành huyện lỵ huyện Tịnh Biên.[4]